De KNMP kent drie secties: de Wetenschappelijke Sectie Openbaar apothekers (WSO), de sectie Landelijke Openbare Apotheken (LOA) en de sectie Apotheker Geneesmiddel & Maatschappij (AGM). De secties richten zich op groepen leden en buitengewone leden die binnen de KNMP onderscheiden kunnen worden (openbaar apothekers, eigenaren van openbare apotheken en apothekers geneesmiddel & maatschappij).
Leden van het KNMP-bestuur vervullen de rol van voorzitter van de LOA-commissie, de AGM-commissie en het WSO- bestuur. De secties organiseren bijeenkomsten voor leden uit hun groep, waarin de specifieke zorgen en wensen van deze leden aan de orde kunnen komen. Een lid kan van een of meer secties lid zijn afhankelijk van zijn rol en/of functiekenmerken.
Ziekenhuisapothekers en industrieapothekers hebben de NVZA, respectievelijk de NIA. Voor deze groepen van leden is er geen sectie.
Sectie LOA
Sectie WSO
Sectie AGM
De WSO is de wetenschappelijke vereniging voor het specialisme openbaar apotheker en kent een sectieledenvergadering en een bestuur, dat wordt benoemd door het KNMP-bestuur. De secties AGM en LOA functioneren zonder formele sectieledenvergadering en hebben een sectiecommissie in plaats van een bestuur. De leden van de sectiecommissies worden benoemd door de Algemene Vergadering op voordracht van het KNMP-bestuur.