De structuur van de KNMP biedt een basis voor de verbinding tussen de leden onderling, en tussen de leden en het bestuur en bureau.
Hoogste orgaan: ledenvergadering
Het hoogste besluitvormende orgaan van de KNMP is de Algemene Vergadering (AV). Het KNMP-bestuur is belast met de leiding van de maatschappij en legt verantwoording af aan de Algemene Vergadering. De Algemene Vergadering bestaat uit districtsafgevaardigden en leden.
Elf districten
De KNMP is ingedeeld in elf regionale districten. De districtsafgevaardigde vertegenwoordigt de leden van een district binnen de KNMP. Elk district heeft een klankbordgroep die een dwarsdoorsnede vertegenwoordigt van de verscheidenheid aan KNMP-leden in een district en de regio’s die een district omvat. De districtsklankbordgroep fungeert als klankbord voor de districtsafgevaardigde, het bestuur en het bureau.
Secties KNMP
De KNMP kent drie landelijke secties: de sectie Apotheker Geneesmiddel & Maatschappij (AGM), de sectie Landelijke Openbare Apotheken (LOA) en de Wetenschappelijke Sectie Openbaar apothekers (WSO). De secties richten zich op een aantal groepen leden en buitengewone leden die binnen de KNMP onderscheiden kunnen worden: openbaar apothekers, eigenaren van openbare apotheken en apothekers geneesmiddel & maatschappij.
Bij het instellen van de secties zijn geen secties ingericht voor de ziekenhuisapothekers of de industrieapothekers die lid zijn van de KNMP. Om de belangen van ziekenhuisapothekers en industrieapothekers zo goed mogelijk te behartigen werkt de KNMP samen met de Nederlandse Vereniging van Ziekenhuisapothekers (NVZA) en de Vereniging van Nederlandse Industrie-Apothekers (NIA).
Leden van het KNMP-bestuur vervullen de rol van voorzitter van de secties AGM en LOA en van de WSO.
KNMP-organen
De KNMP kent bijna honderd organen, waarin ongeveer 550 unieke leden actief zijn. Dit zijn bijvoorbeeld besturen, commissies, raden, Special Interest Groups (SIG's) en klankbordgroepen. De openstaande vacatures zijn te vinden onder Werken bij de KNMP.